La estructura de un sistema de archivos de un sistema operativo es el nivel más básico de organización. Casi siempre un sistema operativo interactúa con sus usuarios, aplicaciones y modelos de seguridad dependendiendo de la manera en que almacena y organiza los archivos en los dispositivo de almacenamiento. El proporcionar una estructura de sistema de archivos común asegura que los usuarios y programas pueden acceder y escribir a los archivos.
Los sistemas de archivos dividen los archivos en dos categorías lógicas:
archivos compartibles vs. no compartibles
archivos variables vs. estáticos
Los archivos compartibles son aquéllos a los que se puede acceder desde varios hosts; mientras que los archivos no compartibles sólo están disponibles localmente. Los archivos variables, tales como documentos, pueden cambiar en cualquier momento; los archivos estáticos, tales como binarios, no cambian sin una actuación por parte del administrador de sistemas.
La razón para visualizar a los archivos de esta manera es para ayudar a correlacionar la función del archivo con los permisos otorgados a los directorios que los sostienen. El modo en que el sistema operativo y sus usuarios interactúan con un archivo dado determina el directorio en el cual estos archivos están ubicados, si ese directorio está montado como de sólo lectura o sólo escritura y el nivel de acceso que cada usuario tiene a ese archivo. El nivel superior de esta organización es crucial. El acceso a los directorios inferiores puede estar restringido o se pueden manifestar problemas de seguridad si el nivel superior es dejado sin organizar o no sigue ninguna estructura rígida.